Laboratory Manager

Laboratory Manager # 100%, Basel, befristet #### print Drucken  Das Quake Laboratory wird 2026 an der ETH Zürich von Stephen Quake aufgebaut, der von der Stanford University wechselt. Das Labor arbeitet an der Schnittstelle von Physik, Ingenieurwesen und Biologie und entwickelt neue Mess- und Modellierungsansätze, die transformieren, was man aus einzelnen Zellen und aus winzigen Mengen an molekularem Material lernen kann. Drei große Forschungsprogramme werden parallel laufen: (1) Rekonstruktion der regulatorischen Architektur von E. coli mit hoher Auflösung als Grundlage für prädiktive Modelle der Genregulation; (2) Aufbau großflächiger Single-Cell-Atlanten von menschlichen Geweben und Modellorganismen – einschließlich eines weltweit einzigartigen Atlas des menschlichen autonomen Nervensystems – und Training von KI/Foundation-Modellen auf diesen Atlanten, um die Biologie des Alterns und die Evolution der Mehrzelligkeit zu untersuchen; und (3) Fortschreiten von Liquid-Biopsy-Ansätzen, die zellfreie Nukleinsäuren aus Blut lesen, um Krankheiten zu erkennen und die Physiologie in Zusammenarbeit mit externen Partnern zu überwachen. Das Labor wird ein multidisziplinäres Umfeld von etwa 10 Personen sein, das Molekularbiologen, Biochemiker, Computerbiologen, Forscher im Bereich Machine Learning, Physiker und Ingenieure umfasst, mit aktiven Kooperationen an der ETH, EPFL, der Universität Zürich und auf internationaler Ebene. Projekt-Hintergrund ## Der Laboratory Manager ist das operative Rückgrat der Gruppe. Sie verantworten das tägliche Funktionieren eines komplexen, multimodalen Wet-Labs – von der bakteriellen Molekularbiologie über die Verarbeitung menschlicher klinischer Proben bis hin zur Hochdurchsatz-Sequenzierung – während Sie als erfahrener Bench Scientist, Trainer und vertrauenswürdiger Berater des PI in allen Belangen fungieren, die eine produktive Forschungsgruppe am Laufen halten. Diese Rolle ist ideal für einen erfahrenen Research Scientist, der gerne über mehrere biologische Systeme hinweg arbeitet, Infrastruktur aufbaut, weniger erfahrene Kollegen mentort und Stolz auf operative Exzellenz zeigt. Es wird nicht von Ihnen erwartet, ein separates, unabhängiges Forschungsprogramm voranzutreiben; vielmehr werden Sie das Programm aller anderen ermöglichen und beschleunigen. Im Gegenzug werden Sie ein zentraler, namentlich genannter Mitwirkender in der ambitionierten Wissenschaft sein, mit einer echten Stimme bei der Gestaltung des Labors. Stellenbeschreibung ## Laborbetrieb und Infrastruktur • Leitung des Ausbaus und des laufenden Betriebs der Wet-Bench-Einrichtungen des Labors an der ETH, einschließlich Geräteauswahl, Installation, Qualifizierung und routinemäßiger Wartungsverträge • Aufbau und Pflege gemeinsamer Ressourcen: Zellkulturräume, BSL-2-Bereiche, Sequenzierungsvorbereitungszonen, -80 °C- und Flüssigstickstofflagerung, Autoklaven, gemeinsame Reagenzienbestände und Gerätekalender • Verantwortung für Bestellung, Lieferantenbeziehungen, Bestandsmanagement und Lagerorganisation für Verbrauchsmaterialien und Reagenzien; Aushandeln von Rahmenverträgen, wo sinnvoll • Aufrechterhaltung und Prüfung der Kern-SOPs, Probenverfolgungssysteme und elektronische Labortagebuch-Praktiken in der gesamten Gruppe • Funktionieren als Schnittstelle des Labors zu den ETH Core Facilities (z. B. Functional Genomics Center Zurich, ScopeM, Genome Engineering & Measurement Lab) und externen Dienstleistern Bakterielle Molekularbiologie und Biochemie - E. coli Regulom • Durchführung und Überwachung einer molekularen Klonierungspipeline für E. coli – Design und Assemblierung von Plasmiden und genomintegrierten Konstrukten, Stammkonstruktion und Lagerung • Aufbau und Pflege biochemischer Workflows, die für regulatorische Studien relevant sind: Proteinexpression und -reinigung, In-vitro-Transkription und quantitative Biochemie, je nach Projektbedarf • Aufbau der Infrastruktur für mikrobielles Wachstum, Induktion und Zeitverläufe, einschließlich Plattenlesegeräten, kontinuierlichen Kultursystemen und Mikrofluidik-Schnittstellen, sofern relevant • Training neuer Labormitglieder in grundlegender Mikrobiologie, steriler Technik und Standard-E. coli-Genetik; Fehlerbehebung bei stagnierenden Klonierungs- und Expressionsprojekten Mammalische Zellbiologie und Gewebehandhabung - Single-Cell-Atlanten • Durchführung und Überwachung der Säugetierzellkultur (Primärzellen, iPSC-abgeleitete Zellen, etablierte Zelllinien), einschließlich Medienvorbereitung, Linienauthentifizierung und Biobanking • Aufbau robuster Workflows für Gewebedissoziation, Single-Cell- und Single-Nucleus-Suspensionsvorbereitung, FACS-basierte Zellsortierung und Qualitätsbewertung • Koordination der Gewebeakquisitions-Pipeline mit klinischen und akademischen Partnern – Vereinbarungen über Bioproben, Chain-of-Custody-Dokumentation, Fixierungs- und Versandlogistik, ethisch genehmigte Probenhandhabung Liquid Biopsy und zellfreie Nukleinsäure-Workflows • Betrieb und Wartung von Low-Input cfDNA- und cfRNA-Extraktions-Workflows • Implementierung und Verfeinerung von cfNA-Library-Preparation-Protokollen (Small-Input WGS, Methylierung/EM-seq, Fragmentomics, gezielte Panels, cfRNA-seq) und Beitrag zur Methodenentwicklung für neue Assay-Modalitäten • Aufbau von Qualitätsmanagement-Praktiken, die für klinische Proben angemessen sind Hochdurchsatz-Sequenzierung • Funktionieren als leitender Praktiker des Labors für Sequenzierungs-Workflows – einschließlich Library QC, Pooling, Balancing und Gerätebedienung oder Lieferantenkoordination • Aufbau von QC-Dashboards und Akzeptanzkriterien über Library-Typen hinweg (Bulk RNA-seq, Single-Cell RNA/ATAC, Spatial, cfDNA/cfRNA, mikrobiell) • Koordination mit Mitgliedern des Computational-Teams bezüglich Sample Sheets, Demultiplexing, primärer QC und rechtzeitiger Rückgabe von FASTQs und Standardmetriken • Pflege der Beziehungen zum Functional Genomics Center Zurich und externen Sequenzierungsanbietern zur B